Puşcuţa a mai fost şef al Fiscului în perioada 2005-2008, avansând treptat în această funcţie de la şef de secţie, la şef adjunct. A ocupat şi fotoliul de director al Cen­tru­lui de Com­ba­tere a Cri­me­lor Eco­no­mice şi a Coru­pţiei (CCCEC) în 2008, timp de şapte luni. Acesta a demisionat pe fundalul unor acuzaţii potri­vit cărora CCCEC ar fi deve­nit un instru­ment de inti­mi­dare a opo­nenţi­lor pute­rii comu­niste.

Ulterior, în septembrie 2010, el a fost ales preşedinte al Uniunii Asiguratorilor din Moldova, iar în 2013 a devenit director al al companiei JLC din cadrul Societăţii pe Acţiuni JLC Group – cea mai mare întreprindere de prelucrare a laptelui din Republica Moldova, cu sateliţi în Ucraina, Kazahstan, Germania și România. Sergiu Puşcuţa i-a consiliat în probleme economice şi financiare pe preşedinţii Petru Lucinschi (1999-2000) şi Vladimir Voronin (2008-2009). Potrivit CV-ului, Puşcuţa mai este şi expert în cadrul Proiectului Băncii Mondiale pentru ameliorarea competitivităţii.